PT. Central Proteinemaprima (CP Prima), Tbk sebagai motor dari konsorsium Neptune untuk program revitalisasi tambak udang di PT. Aruna Wijaya Sakti (AWS) menetapkan langkah-langkah percepatan kegiatan revitalisasi agar dapat memenuhi volume produksi sesuai dengan terget yang diharapkan. Dengan pertimbangan efektivitas dan produktivitas, diperlukan sarana yang memadai untuk keperluan ekspor. Melihat kondisi dan potensi lokasi tambak yang berdekatan dengan Sungai Mesuji, diperlukan perencanaan suatu pelabuhan ekspor terpadu di Sungai Mesuji yang mampu menampung dan menyalurkan hasil produksi tambak udang tersebut. Sungai Mesuji mengalami sedimentasi yang cukup besar di muaranya. Sedimentasi yang terjadi membuat dasar Sungai Mesuji menjadi dangkal, sehingga mengganggu alur pelayaran menuju pelabuhan.
Penelitian ini menggunakan model matematik SMS (Surface-water Modelling System) dengan modul RMA2 untuk mensimulasikan pola aliran dan modul SED2D untuk mensimulasikan transpor sedimen. RMA2 adalah model hidrodinamika dua dimensi yang didasarkan pada penyelesaian numerik persamaan kontinuitas dan momentum aliran dengan metode elemen hingga. RMA2 mampu menghitung elevasi muka air dan komponen kecepatan horizontal untuk aliran subkritik pada saluran terbuka dalam arah x dan y. Sedangkan SED2D adalah model matematik dua dimensi horizontal untuk mensimulasikan transpor sedimen pada saluran terbuka.
Dari hasil simulasi, diketahui pengaruh pasang surut air laut di muara Sungai Mesuji mencapai 25 km ke arah hulu. Sedangkan kecepatan sedimentasi pada hilir Sungai Mesuji rata-rata mencapai 0,31 m/tahun, sehingga diperlukan pengerukan setiap 5 tahun sekali agar alur navigasi dapat berfungsi optimal.